『ラプラスの箱』を巡る争乱が地上に波及。連邦政府首都ダカールが戦禍に見舞われた。
地球連邦政府の中心人物であるローナン・マーセナスは、『箱』の開放を阻止するため、ロンド・ベル隊司令ブライト・ノアに接触する。一方、地球へ降下したバナージは、『箱』への新たな情報を開示する場所、トリントン基地を目指す。
だが、ジオン残党の怨念はＭＡ《シャンブロ》を駆るロニを殺戮へと駆り立ててしまうのだった――。