ミネバを守るため、《ユニコーンガンダム》で出撃したバナージは、フル・フロンタルの《シナンジュ》との交戦で拿捕され、身柄をネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星〈パラオ〉に留め置かれてしまう。
バナージと《ユニコーン》を奪還すべく、特殊部隊エコーズを率いる連邦軍のダグザ中佐は、ネェル・アーガマとの連携による〈パラオ〉攻略戦を敢行する。
その混乱に乗じて《ユニコーン》と共に〈パラオ〉を脱出するバナージだが……。
ＮＴ－Ｄの発動によって開示される『ラプラスの箱』への道標を探るために、フル・フロンタルが出撃させた、マリーダの《クシャトリヤ》が立ち塞がる！